Antigén (angl. antibody generating ~ protilátky tvoriaci) je látka, ktorá vyvoláva tvorbu protilátok a môže vyvolať imunitnú odpoveď. Každá protilátka sa viaže na špecifický antigén formou interakcie podobnej ako „kľúč do zámku“. Protilátky majú schopnosť rozlišovať špecifické molekulárne štruktúry na povrchu antigénu – epitop. Na jednej imunogénnej molekule môže byť rôzny počet epitopov, pričom ich schopnosť navodiť odpoveď IS býva rôzna.

Antigény sú zvyčajne proteíny a polysacharidy. Zahŕňajú časti (obaly, bunkové steny, bičíky, brvy a toxíny) baktérií, vírusov a iných mikroorganizmov. Lipidy a nukleové kyseliny nadobúdajú antigénny charakter iba v kombinácii s proteínmi alebo polysacharidmi. Nemikrobiálne exogénne (telu cudzie) antigény sú napríklad peľ, bielkoviny a proteíny transplantovaných tkanív a orgánov alebo na povrchu krviniek transfúznej krvi.

Špecifická imunitná odpoveď začína po vstupe cudzorodých antigénov do organizmu. Charakter imunitnej odpovede, ktorý vyvolajú antigény závisí od ich biochemickej štruktúry. Niektoré antigény sa musia najprv opracovať v tzv. bunkách prezentujúcich antigén (APC), aby vyvolali imunitnú odpoveď. A až po tomto spracovaní ich T-lymfocyty dokážu rozpoznať, aktivovať sa a spustiť svoje špecifické efektorové funkcie. Patria sem predovšetkým proteíny, glykolipidy a niektoré metabolity, ktoré vznikajú pri biosyntéze vitamínov. Antigény proteínového charakteru spracúvajú bunky prezentujúce antigén (APC) a prezentované sú molekulami HLA prvej triedy (endogénna dráha prezentácie) alebo druhej triedy (exogénna dráha prezentácie). Poly alebo oligo sacharidové antigény T-lymfocyty nestimulujú, tieto aktivujú iba B-lymfocyty a to priamo, bez predchádzajúceho spracovania v APC. Napokon existuje skupina antigénov, ktoré označujeme ako superantigény, ktoré sa vyznačujú tým, že sa súčasne viažu na HLA-molekuly buniek prezentujúcich antigén aj antigénový receptor T-lymfocytov, čím aktivujú oba typy buniek. A tak spôsobia masívnu syntézu prozápalových cytokínov a vývoj klinických príznakov ako pri septickom šoku.